時間不同

三伏灸和三九灸最明顯的一個區別就是時間不同，三伏灸是在夏季三伏天的時候進行，此時是一年中最熱的食物；而三九灸是在三九天的時候進行，這段時間是一年中最寒冷的時候。

原理不同

三伏灸和三九灸的原理也是不一樣的，三伏灸是中醫學依據“冬病夏治”“春夏養陽”等理論，以經絡腧穴理論為基礎，通過對經絡腧穴的進行溫熱刺激，使肺氣升降正常，溫補脾腎，增強機體抗病能力，預防這些疾病的發生；而三九灸選擇在冬季三九天時候進行，通過中藥藥物貼敷在特定治療作用的穴位上，達到祛除疾病的目的。

作用不同

三伏灸是利用炎熱氣候，敷以辛溫，逐痰、走竄、通經平喘藥物，預防和減少病癥在冬季發作，具有一定祛濕、溫補脾腎、升陽等作用；而三九灸以辛溫藥物敷貼特定穴位，可辛溫散寒、活血逐痰，提高陽氣，具有溫陽益氣、健脾益肺以及祛風散寒的作用。

適宜人群不同

三伏灸主要適用于兩類疾病，一是過敏性疾病，如哮喘、反復呼吸道感染等；而是跟虛寒有關的疾病，如胃痛、腎虛以及畏寒等癥狀；而三九灸是寒冷冬季，根據人體體質情況和發病特點，通過中藥藥物貼敷在特定治療作用的穴位上，達到祛除疾病的目的，適宜患有虛寒性疾病的人群進行。