新型冠狀病毒核酸檢測異常但是新型冠狀病毒抗原檢測正常，可能是新型冠狀病毒抗原檢測試劑因素、采樣不好，或患者正處于潛伏期引起的。
新型冠狀病毒抗原檢測受限于試劑的純度、檢測方法等影響，會出現假陰性結果。而且新型冠狀病毒抗原檢測通常是自測，檢測者取樣或操作不規范，也會導致假陰性結果。
如果感染了新型冠狀病毒，但還處于潛伏期，此時新型冠狀病毒未開始大量復制，也會導致新型冠狀病毒抗原檢測出現假陰性的結果。
但是新型冠狀病毒核酸檢測靈敏度很高，這個結果是陽性則確診患者是新型冠狀病毒感染。
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